Lotnisko posiada dwa terminale - T1 i T2, które w części ogólnodostępnej połączone są wewnętrznym korytarzem o długości około 150 metrów. Można między nimi przejść pieszo lub z zewnątrz.
W strefie tranzytowej za punktem kontroli bezpieczeństwa oba terminale są połączone w jedną strefę odlotów. Niezależnie od tego, w którym terminalu przechodzi się przez kontrolę bezpieczeństwa, zawsze prowadzi ona do wspólnej strefy tranzytowej.
Terminale są podzielone według linii lotniczych, a nie miejsca docelowego.
- Terminal 1 - Air Serbia, British Airways, Cyprus Airways, easyJet, El Al, Jet2.com, Swiss, Tarom, Turkish Airlines, Wizz Air.
- Terminal 2 - Aegean Airlines, airBaltic, Austrian, Enter Air, Eurowings, Lufthansa, Norwegian, Olympic Air, Ryanair, SAS, Sky Express, Smartwings, Transavia, Volotea.
Stanowiska odprawy znajdują się zawsze na 1 piętrze, parter jest zarezerwowany dla przylotów.
Lotnisko jest ogólnie bardzo przejrzyste i nowoczesne.
Tanie hotele w pobliżu lotniska w Salonikach
Transfer między lotami
Lotnisko w Salonikach jest wykorzystywane głównie przez linie Aegean Airlines do przesiadek z lotów europejskich na trasy wokół greckich wysp. Saloniki są znacznie przyjemniejszym lotniskiem do przesiadek niż Ateny (ATH).
Transfer jest bardzo łatwy i prosty, wystarczy podążać za znakami "Flight Connections". W większości przypadków przesiadki odbywają się w strefie Schengen, dzięki czemu nie trzeba przechodzić żadnych kontroli.
W Salonikach można łatwo przesiąść się z jednego lotu na drugi w ciągu 25 minut.