Jedyny terminal na lotnisku w Heraklionie wygląda na przestarzały i w sezonie letnim jest bardzo zatłoczony. Orientacja nie jest jednak trudna, a odległości od odprawy do samolotów są niewielkie.
Terminal ma jeden parter. Większa jego część przeznaczona jest na stanowiska odprawy i odloty, a tylko mniejsza część po lewej stronie obsługuje przyloty.
W sezonie letnim należy być przygotowanym na ekstremalne braki miejsc siedzących i kolejki do kontroli bezpieczeństwa trwające do 40 minut.
Przesiadka między lotami
Lotnisko Heraklion nie jest węzłem przesiadkowym i dlatego nie ma opcji bezpośredniego transferu przez strefę tranzytową.
Jeśli przesiadasz się w Heraklionie na własną rękę, musisz wyjść, ponownie się odprawić i przejść przez kontrolę bezpieczeństwa.