Lotnisko, oficjalnie nazwane imieniem Nikosa Kazantzakisa, jest największym portem lotniczym na Krecie. W sezonie letnim obsługuje liczne loty czarterowe; przez pozostałą część roku obsługuje głównie loty z Aten i innych greckich miast.

Na pierwszy rzut oka lotnisko w Heraklionie wygląda raczej staroświecko, a jego infrastruktura nie jest już dostosowana do współczesnych standardów.

W 2017 roku podjęto ostateczną decyzję o budowie nowego, nowoczesnego lotniska; termin zakończenia budowy był wielokrotnie przekładany i obecnie przewiduje się, że zostanie ono otwarte na przełomie 2026 i 2027 roku.

W przypadku podróży na zachodnią Kretę realną alternatywą jest lotnisko w Chanii.

Od kwietnia do października lotnisko obsługuje wiele linii lotniczych z całej Europy, oferując zarówno loty regularne, jak i czarterowe do wszystkich zakątków kontynentu.

Najbardziej rozbudowaną sieć połączeń z Heraklionu obsługują następujące linie lotnicze:

• Aegean Airlines: całoroczne połączenia kilka razy dziennie do Aten + letnie, sezonowe loty bezpośrednie do całej Europy
• Sky Express: całoroczne połączenia do Aten, Salonik i na inne greckie wyspy + sezonowe bezpośrednie loty do całej Europy w okresie letnim
• Jet2.com: najczęstsze połączenia do wielu brytyjskich miast
• Eurowings: loty do wielu niemieckich miast
• Volotea: bezpośrednie loty do Aten, Włoch i Francji
• TUI: rozbudowana sieć połączeń do Wielkiej Brytanii, Holandii, Belgii i Niemiec
• easyJet: loty do kilku miast w Wielkiej Brytanii, Francji i Szwajcarii
• Wizz Air: regularne połączenia do Europy Wschodniej
• Ryanair: stosunkowo niewielka liczba lotów w porównaniu z innymi liniami, np. do Bergamo, Wiednia, Berlina czy Brukseli