Chania korzysta z jednego mniejszego, nowocześnie wyglądającego terminalu, który jest bardzo łatwy w nawigacji. Odległości do samolotów są niewielkie, w sezonie letnim należy spodziewać się większych tłumów na stosunkowo niewielkim obszarze.
Odprawa dla lotów do i ze strefy Schengen odbywa się we wspólnym holu. Odprawa odbywa się po wspólnym punkcie kontroli bezpieczeństwa, przy czym niektóre bramki znajdują się po kontroli paszportowej, a inne nie.
Hale odlotów i przylotów znajdują się na parterze.
Lotnisko jest zamykane między ostatnim a pierwszym przylotem, zwykle godziny otwarcia to 4:00 do 0:00.
