Do stycznia 2025 r. FlyLili obsługiwała własne regularne loty, ale od tego czasu specjalizuje się wyłącznie w lotach dla biur podróży i touroperatorów do nadmorskich miejsc wakacyjnych.

Linie latają głównie do Turcji, Egiptu, Grecji i Tunezji oraz współpracują z touroperatorami w Rumunii, Czechach i Polsce.